De doelstelling van het Rots- en Waterprogramma is het bevorderen van de ontwikkeling van sociale en emotionele competenties en het voorkomen en/of verminderen van problemen op het intra persoonlijke domein (hoe zien leerlingen zichzelf) en het interpersoonlijke domein (hoe gaat de leerlingen met elkaar om) bij kinderen en jongeren.

Onder het intrapersoonlijke domein valt: psychologisch welbevinden, seksuele autonomie, internaliserend gedrag, depressieve gevoelens. Onder het interpersoonlijke domein valt: het verminderen of voorkomen van agressie, seksueel grensoverschrijdend gedrag, pesten en gepest worden.

Om bovenstaande doelen te verwezenlijken wordt er o.a. gefocust op het verbeteren van zelfbeheersing, emotie regulatie, zelfreflectie en zelfvertrouwen en de vaardigheden die in het Rots- en Waterhuis zijn opgenomen.

Drie grootschalige wetenschappelijke onderzoeken, uitgevoerd door de Universiteit van Utrecht en daarnaast het Trimbos instituut i.s.m. Rutgers Stichting, bevestigen de effectiviteit van het Rots- en Waterprogramma. De onderzoeken zijn peer reviewed en in wetenschappelijke magazines gepubliceerd. Daarnaast ondersteunen een groot aantal kleinere onderzoeken, uitgevoerd in Nederland en in Australië (i.s.m. de Universiteit van Newcastle) eveneens de effectiviteit van het programma.

Proces onderzoek toont dat de uitvoerders (trainers) van het programma het vrijwel unaniem eens zijn over de volgende stellingen: Rots en Water draagt bij aan sociaal-emotionele ontwikkeling, het geeft handvatten om leerlingen een betere begeleiding te geven, het draagt bij aan de veiligheid op school, leerlingen voelen zich tijdens de training veilig, het is leuk om te geven en het bevordert de persoonlijke en professionele ontwikkeling van de trainers.